La historia del Kamen Rider Kabuto gira alrededor de un hombre nombrado Souji Tendou. Él ha entrenado su vida entera mientras que espera a Kabuto Zecter de modo que él pueda tomar correctamente el nombre de Kamen Rider Kabuto. La creación de muchos enemigos al mismo tiempo satisface a otros Riders con orígenes misteriosos, la historia de Tendou se vuelve más compleja mientras que él intenta desenredar los misterios del Meteorito que cayó en Shibuya, en 1999. Hace de un amigo llamado Arata Kagami, que se transformaría más adelante en el Kamen Rider Gattack, los dos trabajan juntos y protegen a la humanidad de los Worms, las fuerzas alienígenas que desean aparentemente asumir el control el mundo, substituyendo a los seres humanos para siempre.