La historia toma lugar tres años después de la muerte de Hyun Joon en IRIS I. Se revelará el misterio que rodea la muerte Hyun Joon y Baek San (Kim Young Chul), quien ha sido detenido por ser activo en la organización secreta IRIS. También se expondrá la historia del misterioso grupo, que controlaba todo a través de Baek San. Yoo Gun (Jang Hyuk) hace el papel del líder del equipo de la NSS y Ji Soo Yeon (Lee Da Hae) la de una tirador medallista de oro olímpico que se convirtió en espía francotirador. Mientras tanto, Yoo Joong Won (Lee Bum Soo) interpreta a un espía oficial de Corea del Norte y Choi Min (Oh Yun Soo) interpreta el recién nombrado director adjunto de la NSS. Al mismo tiempo, Seo Hyun Woo (Yoon Doo Joon) hace de un agente perfecto y Yoon Si Hyuk (Lee Joon) es el genio de las computadoras en el Centro de Mando de NSS. Kim Yeon Hwa (Im Soo Hyang) interpreta a un asesino en IRIS 2.