Chou Soran era un estudiante universitario normal hasta que se ve envuelto en un terrible incidente en un pequeño pueblo mientras visitaba la tumba de su abuelo. Mientras camina por el cementerio para visitar a su abuelo fallecido, Soran es asaltado por zombies hasta que aparece una chica misteriosa que empuña un cuchillo y lo lleva a un enfrentamiento con los zombies. Después de defenderse con éxito de los zombies y de más encuentros con la chica que empuña un cuchillo conocida como Fu Hōhō, la vida de Soran comienza a cambiar cuando descubre que la técnica de artes marciales que le enseñó su abuelo, conocido como Kitaigen, es una técnica que está siendo buscada por muchos grupos de artes marciales con motivos ocultos. La historia sigue el intento de Soran de descubrir la historia real de su abuelo y su supuesta conexión con Fu Hōhō.